当单项工程超出批复概算时，可以采取以下步骤进行处理：

分析原因

确认超概算的具体原因，如工程量增加、材料价格上涨、设计变更等。

调整概算

如果超概算原因合理且比例较小（如不超过10%），可按照正常程序进行决算和审计。

对于较大的超概算或明显的管理问题，需要重新审查设计方案和施工计划，并加强工程管理与监督。

制定整改措施

根据超支原因，采取相应措施，如优化设计方案、调整材料采购策略、加强施工管理等。

追究责任

对于因管理不善等原因造成的超概算问题，需要追究相关责任人的责任，并进行处理。

合同条款

审查合同中有关结算的条款，确保结算方式和支付方式明确合理。

遵循法规和标准

参照当地建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准进行结算。

总结与改进

总结经验教训，完善相关制度和流程，预防类似问题再次发生。

请根据具体情况采取相应措施，并考虑咨询专业人士或相关部门以获得更具体的指导