补办南京的普通话证书，您可以按照以下步骤进行：

填写补办申请表

填写《普通话水平测试等级证书补办申请表》。

准备照片

递交2张1寸近期免冠证件照。

单位盖章

《补证申请表》填写完毕后，需要本人所在单位盖章。

原测试报名点审核

将填写好的《补证申请表》及照片提交至原测试报名点进行审核并盖章备案。

市普通话测试中心审核

将审核好的材料递交至市普通话测试中心发证处，工作人员会进行进一步审核。

声音资料录入

根据要求录入本人的声音资料，市普通话测试中心会对新旧声音资料进行比对。

等待发证

补办申请提交后，通常需要等待20个工作日内完成补办流程。

领取证书

收到领取普通话水平测试等级证书的通知后，携带身份证原件和1张1寸近期免冠证件照前来取证。

请注意，以上流程可能因具体政策和地区差异而有所不同，建议直接咨询南京市语言文字工作部门或相关机构获取最新信息。