数学系中难度较高的课程通常包括：

数学与应用数学：

本科阶段，课程涵盖了解析几何、高等代数、数学分析、抽象代数、实变函数等，考研难度更高。

概率论与数理统计：

涉及概率论基本概念、随机变量、数字特征、统计量及其分布、回归分析等，考研难度较大。

信息与计算数学：

包含数据结构、计算机组成原理、操作系统和计算机网络等计算机相关知识，对数学基础要求高。

拓扑学：

研究空间在连续变化下保持不变的几何性质，涉及连续性、连通性、维度等抽象概念，证明复杂。

抽象代数：

研究群、环、域等代数结构，需要深入理解代数和数学逻辑。

实分析：

研究实数系和实数系上函数的基本性质，要求高度抽象思维能力和逻辑推理能力。

复分析：

研究复数域上的函数和解析函数，涉及复数的几何表示、复积分等复杂概念。

泛函分析：

研究函数空间上的线性算子，对数学分析基础要求高。

常微分方程：

研究常微分方程，相对于偏微分方程较为简单。

数论：

研究整数性质，对逻辑思维和抽象能力要求高。

其中， 数学与应用数学通常被认为是本科数学系中最难的专业，而 数学一（考研数学）也被认为是考研数学中最难的科目。

这些课程难度因人而异，但上述课程因其深度和抽象性，常常被认为是数学系最具挑战性的课程