罚款从工资中扣除时：借记应付职工薪酬，贷记营业外收入。

当企业对员工进行罚款处理时，会计分录的处理方法如下：

罚款直接收取现金时：

借：库存现金/银行存款

贷：营业外收入——罚款净收入

罚款从工资中扣除时：

借：应付职工薪酬——员工工资

贷：营业外收入——罚款净收入

期末处理：

借：营业外收入

贷：本年利润

以上会计分录反映了罚款收入的确认和结算过程。需要注意的是，罚款收入属于企业的营业外收入，与企业的日常经营活动无直接关系，因此在进行会计处理时应计入“营业外收入”科目。