沈阳地铁的员工培训主要在以下几所机构进行：

辽宁轨道交通职业学院：

这是一所全日制普通高等职业院校，专门培养轨道交通行业人才，也是沈阳地铁公司的定向培养学校之一。学院位于沈阳市铁西区兴华南街1号，提供轨道交通实训设施和师资力量。

沈阳地铁集团有限公司培训分公司：

成立于2021年，位于沈阳市沈河区大西路338号4-14轴，提供与商务服务业相关的培训服务。

沈阳纵横现代有轨电车驾驶员培训服务学校：

成立于2016年，位于辽宁省沈阳市浑南新区，提供有轨电车管理人员、专业技术人员培训及有轨电车驾驶执照申领业务。

此外，沈阳市应急管理局还为沈阳地铁集团开展了“安全文化进企业”活动，包括安全课和应急安全培训。