南通大学拥有多个优势专业，其中一些专业在江苏省乃至全国都有较高的声誉。以下是一些被广泛认为较好的专业：

临床医学：

该专业在多个排名中均位于前列，并且拥有较高的推荐指数。

计算机科学与技术：

该专业被评为江苏省高校特色专业，并且是南通大学的重点学科之一。

化学工程与工艺：

该专业在2017年全国大学排行榜上排名全国第50位，并且得到了良好的实习和就业机会。

信息与通信工程、 电气工程及其自动化、 预防医学、 汉语言文学、 英语、 美术学、 航空航天与航海医学等专业也相对较为突出，很多都是国家级特色专业。

机器人工程、 海洋工程、 电子商务等专业是南通大学的王牌专业，具有鲜明的特色和较高的教育培养质量。

选择哪个院系的专业好，取决于个人的兴趣、职业规划以及对专业前景的考量。建议在选择专业时，结合自己的实际情况和未来发展方向进行综合考虑