专项项目款的会计分录通常涉及以下几个步骤：

1. 收到专项拨款时：

借：银行存款

贷：专项应付款

2. 将拨款用于工程项目时：

借：在建工程

贷：银行存款

3. 工程完成后，形成资产的部分：

借：固定资产/无形资产

贷：在建工程

同时

借：专项应付款

贷：资本公积-拨款转入

4. 对于未形成资产需核销的部分：

借：专项应付款

贷：管理费用

5. 如果项目完成后有拨款结余需要上交：

借：专项应付款

贷：银行存款

请根据实际项目款项的具体用途进行相应的会计分录处理。