运输企业在做账时，需要遵循以下步骤和原则：

设置会计科目

资产类科目：库存现金、银行存款、应收账款、固定资产等。

负债类科目：应付账款、应交税费等。

所有者权益类科目：实收资本、本年利润等。

成本类科目：主营业务成本、其他业务成本等。

损益类科目：主营业务收入、管理费用等。

记账方法

采用借贷记账法，确保会计分录的借贷平衡。

收入业务处理

收到运输费时，记入“主营业务收入”和“应交税费—应交增值税（销项税额）”。

成本业务处理

记录燃油费、维修费、工资等支出，记入“主营业务成本”。

固定资产折旧，根据车辆用途不同，可能计入管理费用、销售费用或其他业务成本。

费用业务处理

记录日常费用，如员工工资、管理费用等，记入相应科目。

税务处理

根据企业类型（一般纳税人或小规模纳税人）和当地税务法规，按时申报和缴纳相关税费。

财务报表编制

定期编制财务报表，包括利润表、资产负债表和现金流量表。

财务分析

对公司的财务状况进行评估和分析，以支持经营决策。

特殊事项处理

如车辆购买，通过银行存款支付，并记入固定资产。

车辆折旧根据车辆用途和类型，分别计入不同的成本科目。

车辆报废时，进行固定资产清理，并相应减少累计折旧。

发票管理和税务申报

妥善管理和保存所有发票，以备会计核对和税务申报使用。

请根据企业的具体业务情况和当地税务法规，进行详细的账务处理。