涵江区法院设有以下部门：

1. 立案庭（诉讼服务中心）

2. 民事速裁调解室

3. 刑事审判庭

4. 少年审判庭（生态资源庭）

5. 民事审判一庭

6. 民事审判二庭

7. 行政庭

8. 交通庭

9. 执行局

10. 监察室

11. 政治处

12. 办公室

13. 研究室

14. 法警大队

15. 行装科

16. 江口、梧塘、白沙3个人民法庭

共计20个部门