巨人教育面临的主要问题包括：

经营困难：

巨人教育在经营上遇到了挑战，这可能是由于多种因素造成的，包括市场竞争激烈、成本上升、收入下降等。

资金问题：

据报道，巨人教育无法完成全部学员的退费，这表明公司可能面临资金流动性问题，难以满足所有债权人的权益。

政策影响：

“双减”政策（减轻学生作业负担和校外培训负担）可能对巨人教育等培训机构造成了重大影响，由于政策限制，周末无法提供线上线下教育培训，导致核心利润缺失。

转型挑战：

巨人教育在疫情期间、合规治理和业务转型的多重压力下，经营陷入困境，公司正在寻求转型以适应新的市场环境。

市场环境变化：

资本的大量介入和缺乏有效监管可能导致了培训行业内部的恶性竞争，盲目抢占市场，最终影响了巨人教育的稳定运营。

员工和学员问题：

巨人教育在面临经营困难的同时，还需要处理与原有教职工和在读学生相关的问题，如工资和社保问题，以及为学员提供合适的转课方案。

由于上述问题，巨人教育在2021年8月31日宣布将无法继续在秋季为学员提供教学服务，并提出了转课方案以减轻对学员造成的影响。