申请专利的费用应根据具体情况计入不同的会计科目：

1. 如果申请专利最终形成了无形资产，则费用应计入“无形资产”科目，会计分录为：

借：无形资产

贷：银行存款

2. 如果申请专利最终没有形成无形资产，或者费用是为了研发某个科研项目而发生的，则费用可以直接计入“管理费用”科目，会计分录为：

借：管理费用

贷：银行存款或库存现金

3. 如果费用是为了研发某个科研项目而发生的，并且符合资本化条件，则费用可以暂时计入“研发支出”科目，项目完工后再转入“管理费用”科目，会计分录为：

借：研发支出

贷：库存现金或银行存款

借：管理费用——研发支出

贷：研发支出

4. 收到的专利权使用费应计入“其他业务收入”科目。

请注意，根据新会计准则，每月需要对无形资产进行摊销，会计分录为：

借：管理费用——无形资产摊销

贷：累计摊销

以上是申请专利费用的基本会计处理方法。请根据您的具体业务情况选择合适的会计科目进行核算。