贷：银行存款/应付账款

当企业支付运费并取得增值税专用发票时，会计分录应如下：

借：销售费用—运费

应交税费—应交增值税（进项税额）

贷：银行存款/应付账款

这里，“销售费用—运费”科目用于记录因销售活动产生的运费支出，“应交税费—应交增值税（进项税额）”科目用于记录可以抵扣的进项税额，“银行存款/应付账款”科目则用于记录运费的实际支付。

请注意，如果运费发票上注明了可以抵扣的进项税额，则应当进行进项税额的抵扣；如果不能抵扣，则运费应全额计入费用科目。