当合同按比例付款时，做账应遵循以下步骤：

确认合同条款

确认合同中关于付款比例的具体条款。

如果是固定合同，按照合同约定的时间和比例进行付款。

如果是临时协议，根据协议中约定的付款条件进行付款。

记录付款

将业主方支付的款项记入公司的银行账户。

在会计账簿上明确记录每一笔款项的来源、用途和时间。

会计分录示例

如果预计满足付款条件，按照100%的比例入账，并确认相关的负债。

借：固定资产

贷：银行存款

贷：其他应付款

如果预计不满足付款条件，按照低于100%的比例（如80%）入账。

借：固定资产

贷：银行存款

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发票和收据管理

保留好相关的发票、收据和合同等重要文件，以备财务管理和审计之需。

作废发票处理

如果发票作废，不要将其做账处理，而是保留作废的发票以备查。

在下次购买发票时，可能需要使用到之前作废的发票。

税务资料保存

所有与税务相关的资料都应妥善保存，以备税务审计之需。

请根据您的具体情况，结合上述步骤进行会计处理。