水利基金根据最新的会计准则应计入“营业税金及附加”科目。具体的会计分录如下：

计提水利基金时：

借：营业税金及附加

贷：应交税费——应交水利建设基金

缴纳水利基金时：

借：应交税费——应交水利建设基金

贷：银行存款

水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，按照销售收入的一定比例计提和交纳。