中级工程师证书的发放通常由以下部门负责：

1. 人力资源和社会保障局职称办

2. 相关主管部门，如住房和城乡建设厅、水利局等

3. 特定考试合格后，由省级人力资源社会保障部门发放，如中级注册安全工程师职业资格考试合格者

证书的具体发放流程和地点可能因地区而异，建议关注当地人力资源和社会保障局职称办或相关主管部门发布的最新通知，或登录当地人事考试中心或人社局官方网站获取最新信息。