中科院在福建的研究所包括：

中国科学院福建物质结构研究所（简称福建物构所）

创建于1960年，由著名科学家卢嘉锡院士创立。

在结构化学、纳米材料研究、新技术晶体材料科学研究和晶体高科技产业化等方面具有特色。

拥有多个国家级和省部级创新平台。

中国科学院海西研究院（以福建物构所为基础和法人依托）

下设物质结构研究中心、材料工程研究中心、先进制造技术集成研究中心、厦门稀土材料研究中心、泉州装备制造研究中心等。

旨在贯彻落实国家海西发展战略。

其他相关研究所

包括城市环境研究所等，但具体信息未在提供的参考信息中详细说明。

福建物构所和海西研究院是福建省内中科院的两个主要研究机构，对当地的科研发展和社会经济建设具有重要影响