甲方管理施工单位通常遵循以下步骤和方法：

合同管理

甲方负责起草合同草案，并与施工单位共同讨论通过后，由施工单位签字盖章。

甲方监督合同的执行，确保施工单位遵守合同条款。

施工质量控制

确定施工质量标准，并制定相应的质量检查计划。

对施工过程进行监督检查，并处理质量问题。

工期及进度控制

制定工期计划和进度表，并监督检查施工单位的进度情况。

对进度问题进行及时处理，确保工程按时完成。

安全、文明施工管理

设立安全、文明施工管理机构，并明确各责任人的职责。

对施工单位进行监督管理，确保遵守安全、文明施工管理办法。

现场管理与协调

甲方通过监理单位对施工现场进行直接管理，监督工程进度、检查施工质量等。

定期召开现场工作协调会，解决施工中的技术、质量、进度问题。

利用经济手段

在施工合同中明确经济处罚事项，对施工单位进行经济处罚。

项目经理及组织机构审查

审查施工单位项目经理的资格及实际施工经验和能力。

确认组织机构权责系统是否健全。

交叉作业协调

协调好交叉作业中的各方关系，作好成品保护，以保证工程质量。

其他管理手段

甲方可能要求施工单位提供详细的施工方案和进度报告。

对施工单位的现场文明施工情况进行监督。

通过上述方法，甲方可以有效地管理施工单位，确保工程按照既定的质量、安全、进度要求顺利进行