在选择学校时，可以考虑以下几个因素：

专业设置

徐州医药高等职业学校以医药相关专业为主，适合对医药领域感兴趣的学生。

南通卫校以卫生健康类专业为主，适合对医疗、护理、药学等领域感兴趣的学生。

师资力量和教学设施

可以比较两所学校的教师资质、教学设施等，选择条件更优越的学校。

就业情况

了解两所学校的毕业生就业情况，选择就业前景更好的学校。

学校声誉

参考江苏省卫校排行榜，如南京卫生学校、南通卫生高等职业学校等，选择声誉较高的学校。

根据以上信息，你可以根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑这些因素，做出适合自己的选择。