失控发票通常指的是企业进项发票失去防伪税控系统控制，被列入异常凭证范围，不能作为税前扣除凭证使用的情况。当企业的失控发票被税务机关查明后，通常需要补缴增值税，并可能需缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费。

具体补缴的税额会根据失控发票的具体情况以及税务机关的核算结果而定。例如，在某些情况下，企业可能需要补缴增值税、滞纳金、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等。

如果企业能够提供有效证据证明交易的真实性，可能可以避免缴纳滞纳金，或者滞纳金的数额可能会减少。然而，如果企业无法提供有效证明，或者税务机关认定企业存在过错，那么可能需要缴纳较高的滞纳金。

请注意，税法的解释和实施可能会随着时间和具体情况的变化而变化，因此具体的补缴税额和滞纳金应以税务机关的正式通知为准。如果您面临类似情况，建议咨询专业的税务顾问或直接与税务机关联系以获得最准确的指导