整理公司内账可以按照以下步骤进行：

了解现状

首先，明确公司当前的财务状况，包括现金、存款、借款、应收款等。

设置账目

建立两套账目，一套为内账，一套为外账。

内账用于详细记录公司的每一笔收入和支出，为外账提供真实的数据基础。

记账方法

流水账：记录所有收支并按顺序排列，随时可以结出余额。

正规记账方法：从凭证到账簿，甚至报表，所有实际发生的单据，包括白条，都要真实反映在内账上。

现金流管理

使用现金流法对日常财务经营进行准确掌握，全面整理一定时期内的收入和支出频率及金额，以把握当期财务状况，便于预测和分析未来的财务发展情况。

实物流管理

实物流法着重于资金资产流动情况的整体管理，直观了解资金资产变化，精准把握财务流动情况，并根据项目调整资金结构。

分析规划

在外账的基础上分析收入和支出，然后规划税收。

定期审核

定期对内账进行审核，确保数据的准确性和完整性。

整理内账的过程需要细致和系统，确保每一笔账目都得到妥善处理，以便于公司管理层做出合理的财务决策。