根据提供的信息，清华大学直博生的学费标准如下：

学术博士：每年1万元人民币，直博总计5万元人民币。

教育博士：第一学年8万元人民币，第二学年2万元人民币。

工程博士：第一学年9万元人民币，第二学年6万元人民币，第三学年3万元人民币。

请注意，这些信息可能会随着时间和政策的变化而有所调整，建议直接咨询清华大学或查看最新的官方通知以获得最准确的信息