根据提供的信息，东南大学通常被认为比福州大学更好。以下是相关信息的整理：

大学排名

东南大学是中央直管教育部直属的副部级全国重点大学，属于985双一流项目，因此在大学排名中通常位于福州大学之上。

学科优势

东南大学以工科闻名，尤其在建筑学、土木工程、电子、通信学科方面享有盛誉。

东大的计算机科学（涵盖弱电类）在最新的ESI排名中高居全球第11，国内高校中仅次于清华大学。

历史底蕴

东南大学的历史底蕴丰富，与许多老牌文理院校相比并不逊色。

综合对比

在对比福州大学和南京大学时，东南大学在多个方面，包括工科实力、历史底蕴和排名情况，都显示出其优势。

请注意，这些信息基于发布时间较近的数据，排名和实力可能会随时间而有所变化。如果您需要最新的排名信息或其他方面的对比，请参考官方发布的最新数据