北京交通大学拥有多个学院和系所，以下是部分学院的列表：

自动化与智能学院

电子信息工程学院

计算机与信息技术学院

经济管理学院

交通运输学院

土木建筑工程学院

机械与电子控制工程学院

电气工程学院

数学与统计学院

物理科学与工程学院

语言与传播学院

软件学院

马克思主义学院

建筑与艺术学院

法学院

环境学院

系统科学学院

网络空间安全学院（国家保密学院）

詹天佑学院（智慧交通未来技术学院）

威海国际学院

其中，交通运输学院下设的系所有：

运输管理工程系

交通工程系

交通信息管理工程系

城市轨道交通系

物流工程系

系统工程与控制研究所（民航系，筹）

系统科学研究所