申请自理报关的流程通常包括以下几个步骤：

资质准备

确保公司具备进出口经营权。

营业执照中包含“货物进出口”或“技术进出口”业务。

注册资金不低于规定金额（如50万人民币）。

法人三年内未曾担任过被撤销进出口经营资格的企业法人。

前期准备

收集和整理货物信息，包括名称、规格、型号、数量、重量、包装形式、价值等。

准备必要的单证，如合同、发票、装箱单、提单（海运）/运单（空运）等。

确保企业内部有经海关备案的报关员，并准备相应的报关员资格考试和注册手续。

注册登记手续

填写《自理报关注册登记申请书》及其他相关表格。

提供必要的文件，如营业执照、组织机构代码证书、税务登记证、公司章程等。

缴纳相应的费用，并等待海关审核。

内部管理体系建立

建立完善的内部管理体系，包括管理责任、人员配备、操作流程、风险控制措施等。

报关人员培训

雇佣专业的报关人员，并安排参加海关组织的报关员资格考试。

完成海关要求的培训和考试。

报关操作

通过电子口岸系统进行网上录入、申报、查询、打印报关单等操作。

确保报关单数据的准确性和完整性，并按规定及时更新内部管理体系和操作流程。

审核和批准

向海关提交申请，并通过海关的审核，获得自理报关资格证书。

持续更新

持续提升员工的专业能力和知识水平。

参加相关的培训和学习，了解最新的法规和政策变化。

请注意，以上步骤和流程可能会根据具体的地区、时间和海关规定有所变化，建议直接咨询当地海关或通过官方渠道获取最新信息