当前中国制药工程专业排名前三的大学是天津大学、四川大学和南京的中国药科大学。这些学校的制药工程专业通常被认为是全国最好的，并且通过了教育部的审批，成为国家特色专业。

华东理工大学

北京化工大学

大连理工大学

华南理工大学

西安交通大学

江南大学

沈阳药科大学

合肥工业大学

广州中医药大学

浙江工业大学

请注意，排名可能会随着时间和不同评价机构的标准而有所变化。建议在选择学校时，还需考虑个人的兴趣、研究方向、学校的师资力量、实验设施以及就业前景等多方面因素