运输收入的记账方法如下：

1. 当运输公司收到运输费时，应计入主营业务收入。

如果是主营运输单位，会计分录为：

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）

2. 如果企业是一般纳税人，上述分录适用。

如果是小规模纳税人，收入分录为：

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入

3. 在开出发票时，确认收入。

会计分录为：

借：应收账款

贷：主营业务收入

4. 收到对方款项后，会计分录为：

借：银行存款

贷：应收账款

5. 核算企业对外提供劳务所发生的成本。

发生劳务成本时记借方，月末结转到主营业务成本时记贷方。

6. 支付给快递公司的运费，计入货物成本。

会计分录为：

借：原材料（库存商品等科目）

借：应交税费—应交增值税（进项税额）

贷：银行存款等

7. 收取运费时，会计分录为：

借：银行存款（或库存现金、其他应收款等）

贷：主营业务收入（或其他业务收入）

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）

请根据具体情况选择合适的会计分录进行记账。