济宁市取消事业单位建制的单位包括：

1. 济宁市农村合作经济管理处（济宁市农民负担监督管理处）

2. 山东省农业广播电视学校济宁市分校（济宁市农业科技教育培训中心）

3. 中央农业广播电视学校济宁市会计分校

4. 济宁市农业环境保护工作站（济宁市农产品质量监督检测中心）

5. 济宁市土壤肥料工作站

6. 济宁市植物保护工作站

7. 济宁市农业技术推广站

8. 济宁市农业技术推广中心

9. 济宁市农业局生活管理站

10. 济宁市农村能源技术指导站

11. 济宁市蔬菜工作指导站

12. 济宁市种子管理站（济宁市农作物种子质量监督检验站）

13. 济宁市种子试验示范繁育推广中心

14. 济宁市动物卫生监督所

15. 济宁市畜牧站

16. 济宁市动物疫病预防与控制中心

17. 济宁市城乡规划信息中心

18. 济宁市国土资源局档案信息中心

19. 济宁市南四湖自然保护区管理局（济宁市湿地保护管理中心）

20. 济宁市野生动植物保护中心（济宁市林业有害生物防治检测中心）

21. 济宁市林业科学研究所（济宁市微山湖湿地生态系统观测站）

22. 济宁市体育总会办公室

23. 济宁市球类运动项目管理中心

24. 济宁市重竞技运动项目管理中心

25. 济宁市水上运动项目管理中心

26. 济宁市田径运动项目管理中心

27. 济宁市体操（蹦床）运动项目管理中心

28. 济宁市体育科学研究所

这些单位根据相关文件要求，已经撤销事业单位建制，并进行了整合或重组