泉州海事局内设的主要部门包括：

1. 办公室

2. 财务会计处

3. 通航管理处（指挥中心）

4. 船舶监督处（危管防污处）

5. 执法督察处

6. 党群工作部（纪检监察处）

7. 政务中心

8. 海巡执法支队

9. 指挥（交管）中心

此外，泉州海事局下辖有泉港、晋江等副处级海事处，丰泽、石狮、南安等正科级海事处，以及一个执法支队。