国家移民管理局内设的主要部门包括：

1. 综合司（移民事务国际合作司）

2. 政策法规司

3. 外国人管理司

4. 公民出入境管理司

5. 边防检查管理司

6. 信息科技司

7. 干部人事司

8. 后勤保障司

9. 机关党委

此外，国家移民管理局还下辖一些直属事业单位，如出入境管理信息技术研究所、移民事务服务中心和警务保障中心