北京中学的课程设置通常包括以下主要科目：

文化课

语文

数学

英语

历史

地理

化学

物理

生物

素质教育课

体育

美术

音乐

信息技术

特色或选修课程

道德与法治

手工劳动

篮球、足球、武术等特色课程

课程内容会根据不同年级和学校的特色有所不同，例如，初中一年级会开设历史、地理、生物等科目，而物理和化学通常在后续年级引入。高中课程也类似，但更侧重于学术性的深入探讨。

北京中学还注重培养学生的综合素质，通过实施分层分类走班、导师制与学分制等教学模式，鼓励学生探索个性化学习、联系性学习与体验性学习。