南京和杭州都是中国东部沿海地区的教育重镇，拥有众多知名高校。根据提供的信息，我们可以整理出以下对比：

高校数量和层次

南京：拥有2所985高校和8所211高校，以及13个双一流大学，普通高等学校总数为51所。

杭州：拥有1所985高校和211高校，以及双一流大学，普通高等学校总数为40所。

学术声誉和排名

南京大学：全国排名第6，在经济学领域排名第5。

东南大学：全国排名第23，在大气科学专业全球排名第8。

浙江大学：全国排名第4，在经济学领域排名第14。

科研和创新能力

南京高校在科研和创新方面表现出色，如东南大学在软科世界一流学科排名中取得佳绩。

历史和文化底蕴

南京：作为历史文化名城，拥有丰富的历史遗迹和文化资源，有利于培养学生的综合素质和人文修养。

地理位置和交通便利性

南京：地理位置优越，交通便利，有利于学生就业和实习。

经济发展和就业机会

杭州：经济发展迅速，拥有众多科技企业和创新型企业，提供更多就业机会。

综合对比

从上述信息来看，南京在高校的数量和质量上占据优势，拥有更多的985和211高校，以及在某些学科上表现突出的双一流大学。杭州则以浙江大学为代表，尽管浙江大学在全国范围内享有极高的声誉，但南京的高校在整体实力上似乎更为均衡和强劲。

需要注意的是，以上信息基于2024年3月至2024年5月间的数据，具体情况可能会有所变化。如果您需要最新的排名信息或其他详细数据，请参考官方发布的最新排行榜或相关教育资源