自动化专业的学生在考研时可以选择的专业主要包括：

1. 控制科学与工程

2. 控制工程

3. 控制理论与控制工程

4. 检测技术与自动化装置

5. 模式识别与智能系统

6. 计算机科学与技术

7. 软件工程

8. 电子信息工程

9. 电子科学与技术

10. 电气工程

11. 机械自动化

12. 机械制造

13. 应用物理

14. 机电一体化技术专业

15. 智能机电技术专业

16. 智能控制技术专业

17. 智能机器人技术专业

18. 工业机器人技术专业

19. 电气自动化技术专业

20. 工业过程自动化技术专业

这些专业提供了自动化领域的深入学习和研究机会，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业进行深造。