当前福建集美大学的院系设置包括多个学院，例如工商管理学院、理学院、文学院、外国语学院、政法学院、海外教育学院、成人教育学院、信息工程学院等位于集大总部。其他学院如体育学院的诚毅学院、教师教育学院（艺术学院）、生物工程学院（水产学院）、财经学院、轮机工程学院、航海学院等也分布在校园内，靠近总部。

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