公司绿化费用应计入管理费用科目。具体的会计分录如下：

借：管理费用-绿化费

贷：银行存款/库存现金

如果公司收到的是增值税专用发票，则可以抵扣进项税：

借：管理费用-绿化费

借：应交税费-进项税

贷：银行存款/库存现金

与生产经营有关的、合理的厂区绿化费用，凭借真实合法凭据，允许在税前扣除。如果绿化费用金额较大，可以计入长期待摊费用科目，进行分期直线摊销，摊销年限不得低于3年