深圳地铁集团的部门主要包括：

1. 董事会办公室/政策研究室

2. 党群办公室

3. 办公室

4. 纪检监察室/监事会办公室

5. 人力资源中心

6. 财务管理中心

7. 成本合约中心

8. 审计法律中心

9. 投资管理中心

10. 技术管理中心

11. 地铁指挥中心

12. 规划发展中心

13. 工程管理中心

14. 安全质量中心

15. 信息管理中心

这些部门涵盖了从战略管理、政策研究、公司治理、人力资源管理、财务管理、成本控制、审计法律、投资管理、技术管理、运营指挥、规划设计、工程管理、安全质量到信息管理等多个方面，确保地铁集团的正常运营和发展