南阳注销二级建造师的时间通常在5个工作日左右。具体流程如下：

1. 申请人提出注销申请；

2. 区县住建委初审；

3. 市住建委行政综合服务大厅人员资格窗口复审并开具受理单；

4. 申请移交住建委注册中心，证书注销成功。

请注意，这个时间可能因当地审批效率、提交的材料是否齐全以及是否存在其他特殊情况而有所不同。建议联系当地的建设部门或相关机构获取最准确的信息