万州烤鱼通常使用以下鱼类作为原料：

草鱼：肉质多刺少，适合用来做烤鱼。

鲈鱼：肉质鲜嫩，口感爽滑，味道好。

鲤鱼、鲫鱼、花鲢、白鲢、鳜鱼等：均可选用，但在初加工时通常要求从鱼身背部肉厚处片开成相连的两半，以便鱼肉成熟度和入味度均匀。

传统的万州烤鱼采用木炭进行烤制，以保持其独特的香味。现代一些做法可能会用电烤，但许多人认为木炭烤制的更加香。