工程预付款的计算方法主要有以下几种：

百分比法

工程预付款 = （中标合同价 - 不属于承包商的费用） × 预付款比例。

数学计算法

工程备料款数额（工程预付款）= 合同造价 × 材料比重（%）× 材料储备天数 / 年度施工天数（365天）。

综合因素法

工程预付款的数额是根据施工工期、建安工程量、主要材料和构配件费用占建安工程量的比例以及材料储备期等因素来确定的。

具体计算步骤：

确定预付款比例

预付款比例通常在合同中有明确约定，一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。对于重大工程项目，可能会按年度工程计划逐年预付。

计算预付款金额

若采用百分比法，预付款金额 = 合同总价 × 预付款比例。

若采用数学计算法，预付款金额 = 合同造价 × 材料比重 × 材料储备天数 / 365。

确定起扣点

起扣点T = 合同总价 - 预付款金额 / 主要材料和构件所占总价款比重。

支付与扣回

预付款的支付时间和方式通常在合同中约定，例如在合同签订后30日内支付预付款的50%，在主要人员及机械到位后再支付剩余的50%。

预付款的扣回时间和比例通常在工程进度款支付至25%到75%之间按工程进度款比例扣回。

示例：

假设某工程合同总价为1000万元，预付款比例为15%，材料比重为60%，材料储备天数为180天，年度施工天数为365天。

预付款金额计算

预付款金额 = 1000万元 × 15% = 150万元。

起扣点计算

T = 1000万元 - （150万元 / 60%） = 1000万元 - 250万元 = 750万元。

建议：

在实际操作中，预付款的额度和扣回方式应根据工程的具体情况和双方协商确定，并在合同中明确约定。

预付款的支付和扣回应严格按照合同条款执行，以确保双方权益。