建筑工程公司在缴纳税款时，主要涉及以下几个税种：

增值税

建筑服务通常按照规定的税率缴纳增值税，一般纳税人的基本税率可能包括3%、6%、9%、13%等不同档次，具体适用哪个税率取决于提供的建筑服务类型和相关税法规定。

小规模纳税人有征收率。

建筑企业在某些情况下需要在建筑服务发生地预缴增值税，尤其是当收到预收款时。

教育费附加和城建税

教育费附加通常按增值税的一定比例缴纳，如3%。

城建税按增值税的一定比例缴纳，如7%。

地方教育费附加

地方教育费附加也是按增值税的一定比例缴纳，如2%。

企业所得税

建筑企业需按盈利额缴纳企业所得税，税率通常是固定的，但具体数值可能因地区税收政策而异。

个人所得税

对于建筑施工企业雇佣的员工，企业需代扣代缴其工资收入所对应的个人所得税。

印花税

在签订合同或者处理财务账簿时，建筑企业可能需要缴纳印花税。

缴税的具体方式和比例应遵循最新的税法规定和地方税务机关的具体要求。建筑企业应根据实际业务情况和合同条款，计算应缴税款，并向税务机关申报缴纳。