建筑企业在面对税务稽查时，应当遵循以下主要方法和步骤：

1. 提供必要文件

提供《竣工决算工程项目书》。

提供中标书、工程合同书、工程施工进度明细表等相关资料。

2. 核对工程成本与费用

核对《竣工决算工程项目书》反映的工程成本、费用项目总金额与账簿中“工程结算成本”科目累计结转金额是否一致。

核对账簿中“工程施工”科目归集的实际发生成本、费用数量与金额。

3. 审查超出决算部分的成本与费用

对于超出决算部分的成本、费用，根据能否提供权力和资质部门鉴定结论，决定是否在所得税前扣除。

4. 发票管理检查

检查发票取得的合规性，包括纳税人识别号、统一社会信用代码、开票项目与实际经营范围的一致性。

核实发票开具的真实性，防止虚开发票。

5. 现场检查和询问

实地检查工程现场，与建设方核对支付款项与账簿记录是否一致。

通过询问了解企业的业务情况和操作流程。

6. 利用金税四期系统

利用金税四期系统检查增值税专用发票用量变动、发票开具金额等异常情况。

7. 遵循税务稽查执法权力

遵守《税收征管法》赋予的查账权、场地检查权、责成提供资料权等。

8. 税务检查通知书

检查人员向被查对象出示税务检查证和《税务检查通知书》。

9. 纳税调整

如发现企业存在将改项工程暗中分包、收取管理费不按规定缴纳营业税或不按规定取得建筑业工程成本、费用发票的问题，需进行企业所得税的纳税调整。

遵循上述步骤，建筑企业可以更好地配合税务稽查工作，确保合规性和减少税务风险。需要注意的是，以上信息基于提供的参考信息，具体操作可能因地区和时间而异，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问获取最新信息