计算运费税款的步骤如下：

1. 确定运费是否包含在销售价格中。如果包含，则基于含税价格计算税额；如果不包含，则基于不含税价格计算。

2. 确定适用的税率。根据您所在国家和地区的税法规定，增值税（VAT）的税率可能为3%或9%。

3. 根据您是企业的一般纳税人还是小规模纳税人，使用不同的计算公式：

一般纳税人增值税应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额。

小规模纳税人增值税应纳税额 = 运输服务不含税收入额 × 适用税率。

4. 对于一般纳税人，如果提供的是交通运输服务，增值税税率为9%。

5. 对于小规模纳税人，运费增值税按照3%征收。

6. 计算公式为：

含税价格计算税额：税额 = 含税价格 × 税率。

不含税价格计算税额：税额 = 不含税价格 × 税率。

7. 如果需要开具发票，注意含税价格和不含税价格的转换。

8. 确保所提供的运输发票真实、合法、有效，并注明运输服务的详细信息，以便税务部门审核。

请根据您所在地区的具体税法规定和具体情况，使用上述公式进行计算。