物流公司收入的入账流程通常遵循以下步骤：

收入确认 ：物流公司收入的确认通常基于与客户签订的合同、运输单据以及客户对货物的签收。

编制收支单：

根据收到的收据编制经手人收支单。

编制凭证：

根据收支单和经手人收支单，编制相应的会计凭证。

记账：

根据凭证登记账簿。

分类借贷：

根据记账凭证，将业务发生额分类记入相应的资产、负债、所有者权益、成本或费用等账户，并确定借贷方向。

核算主营业务收入：

设置明细科目如运输收入、装卸收入等，反映不同业务类型的收入。

核算税费：

确认对应的税费，如增值税（销项税额）和进项税额。

账务处理

当收到运输费收入时，会计分录为：

借：银行存款/应收账款等

贷：主营业务收入——运输收入

应交税费——应交增值税（销项税额）

当支付运输费作为费用支出时，会计分录为：

借：主营业务成本——运输成本

贷：银行存款

当支付税金时，会计分录为：

借：应交税金——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款

期末处理：

月末进行利润的结转，将本账户余额转入本年利润，结转后本账户无余额。

请根据实际业务情况和当地税法规定进行具体操作，并考虑咨询专业会计师或税务顾问以获得更准确的指导