吉首地区的高等教育机构主要包括：

吉首大学

简称“吉大”，是一所综合类全日制本科大学。

成立于1958年，是湖南省属综合性大学，也是武陵山片区唯一的综合性大学。

拥有多个校区，包括吉首大学砂子坳校区、吉首大学大田湾校区、吉首大学医学院校区（石家冲校区）、张家界校区和热水抗校区（新校区，张家界学院独立校区）。

湘西民族职业技术学院

是一所专科层次的高校，主要招收部分大专生和中专生。

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