黔东南苗族侗族自治州下辖16个县。这些县包括：

1. 凯里市

2. 麻江县

3. 丹寨县

4. 黄平县

5. 施秉县

6. 镇远县

7. 岑巩县

8. 三穗县

9. 天柱县

10. 锦屏县

11. 黎平县

12. 榕江县

13. 从江县

14. 雷山县

15. 台江县

16. 剑河县

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