您可以在南京市财政局指定的窗口领取注册会计师合格证书。以下是领取流程的简要说明：

确认合格证书领取通知：

了解具体的领取时间和地点。

准备所需材料：

通常需要携带身份证原件和复印件。

前往指定地点：

携带上述材料到南京市财政局指定的窗口进行领取。

请注意，领取时间和地点可能会根据当地财政局的最新通知有所变动，建议您提前联系南京市财政局或访问其官方网站获取最新信息。