农业公司的纳税申报流程通常包括以下几个步骤：

税务登记

在工商行政管理部门进行公司登记。

向当地税务部门申请纳税人登记，并提供必要的文件，如营业执照、法人身份证等。

了解税种

确定公司应缴纳的税种，如增值税、企业所得税、个人所得税等。

了解相关税率和缴税周期。

纳税申报

准备财务报表和相关凭证。

填写纳税申报表，如增值税纳税申报表、企业所得税纳税申报表等。

确认纳税种类、所得额、减免等情况，确保申报信息的准确性和及时性。

缴纳税款

根据税务部门的要求，通过线上或线下方式按时缴纳税款。

税务审计

准备好接受税务部门的审计，确保合规性。

关注税收优惠政策

了解并合理利用减免税政策，合理享受税收优惠。

纳税申报可以通过以下方式进行：

网上申报：登录当地税务局网站或使用电子税务局进行在线申报。

上门申报：填写纳税申报表后，亲自报送至主管税务局。

请注意，具体的纳税申报流程和要求可能因地区而异，建议咨询当地税务部门获取最新信息。