当发生短款时，会计分录通常如下：

1. 出纳发现短款时：

借：待处理财产损溢

贷：库存现金

2. 查明原因后，如果是其他应收款：

借：其他应收款

贷：待处理财产损溢

3. 如果无法查明原因，则可能会计入管理费用：

借：管理费用

贷：待处理财产损溢

请根据具体情况选择合适的会计分录。