自学考试缺考通常不会影响毕业申请。考生如果继续参加考试并通过所有课程，仍然可以申请毕业。不过，缺考可能会产生以下后果和影响：

影响毕业时间：

缺考可能导致毕业时间延长，因为需要重新参加考试。

经济损失：

自考需要支付考试费用，缺考意味着浪费了报名费。

影响学业进度：

缺考可能导致学业进度延迟，需等待下一次考试机会。

记录诚信档案：

某些地区（如广东省）可能会将无故缺考记录在诚信档案中，对多次无故缺考的考生可能会限制报考课次。

心理压力：

缺考可能会带来心理压力和焦虑，因为考生可能会感到遗憾和担心对学业的影响。

成绩处理：

自考缺考的科目成绩通常按零分计算，但考生下次仍可重新报考。

建议考生根据自己的情况决定是否缺考，并尽量坚持参加考试以减少上述潜在影响。如果考生有正当理由，如生病或出差等，通常不会影响诚信记录。