当企业从员工工资中扣除罚款时，会计入账应遵循以下步骤和规则：

确认罚款性质

如果罚款是由于员工个人行为造成的损失，应计入“管理费用”科目。

如果罚款属于考核性质，应计入“营业外收入”科目。

计提工资

借：管理费用——员工工资

贷：应付职工薪酬——应付职工工资

扣除罚款

如果罚款从工资中扣除，会计分录为：

借：应付职工薪酬——工资

贷：营业外收入——罚款

发放工资

实际发放工资时，应根据员工的实发工资进行发放，并确保应付职工薪酬的余额与实发工资相符。

请注意，这些步骤和规则是基于《企业会计准则》及相关规定，并且需要考虑税务影响，确保符合税法规定。