函证作为一种审计证据收集方法，虽然具有一定的有效性，但也存在一些局限性，主要包括：

第三方合作态度：

函证的成功率受到第三方合作态度的影响，如果第三方不配合，可能导致函证结果不理想。

通信方式：

通信方式的选择也会影响函证的效果，不稳定的通信可能导致信息传递不完整或延误。

时间限制：

函证只能获取特定时间点的信息，无法反映被审计单位在整个会计期间的财务状况和经营成果。

内部控制了解不足：

函证不能替代审计人员对被审计单位内部控制的了解和测试，也不能替代对被审计单位财务报表的整体分析。

函证范围：

可能不是对所有明细账户进行函证，导致某些具有错误余额的账户未被包括在内。

函证响应：

被函证方可能忽视或不愿意答复，尤其是在债权被低估的情况下。

函证遗漏：

如果账户原本遗漏，自然也就不可能被列作函证项目。

函证结果可靠性：

注册会计师在设计询证函时难以保证函证结果的可靠性，因为被征询者可能不认真对待询证函，或无法保持独立性和客观性。

函证与外部凭证：

函证不能保证能够查出来未记录的应付账款，且不能替代外部凭证如购货发票来证实应付账款的余额。

函证与审计程序：

单独函证不能证明应收账款计价与分摊认定，需要考虑坏账等因素。

为了克服这些局限性，审计人员通常需要结合其他审计方法和程序，如实地调查、检查、询问等，以获得更全面和可靠的审计证据。